სტომატოლოგიის ფაკულტეტის შექმნის წინაპირობა იყო 1922 წელს თსუ-ის სამკურნალო ფაკულტეტზე “ოდონტო-სტომატოლოგიის კათედრის” გახსნა, რომელიც ფაკულტეტის ერთგვარ ბაზად იქცა. თვით სტომატოლოგიური ფაკულტეტი შეიქმნა განყოფილების სახით 1930 წელს სამკურნალო-პროფილაქტიკურ ფაკულტეტთან. სტომატოლოგიური განყოფილება დაიხურა 1932 წელს, გამოუშვა რა ორი ნაკადი (1932 და 1933 წლები). 1931-32 და 1932-33 სასწავლო წლებში თსუ-თან მოქმედებდა კბილის ექიმთა ექიმ-სტომატოლოგებად გადამზადების კურსები. 1935 წელს გაიხსნა ცალკე სტომატოლოგიური ინსტიტუტი. ერთი წლის შემდეგ, 1936 წლის სექტემბერში, ეს ინსტიტუტი შეუერთდა სამედიცინო ინსტიტუტს. 1937 წელს ფაკულტეტი ცალკე ინსტიტუტად ჩამოყალიბდა და დამოუკიდებლად იარსება 1948 წლამდე. 1948 წლის სექტემბერში ის კვლავ შემოუერთდა თსუ-ს ფაკულტეტის სახით.
თერაპიული სტომატოლოგიის კათედრა დაარსდა 1930 წელს მისი წინამორბედი “სტომატო-ოდონტოლოგიის დოცენტურის” ბაზაზე, რომელიც 1922 წელს ჩამოყალიბდა. 1922-1930 წლებში სტომატო-ოდონტოლოგიის დოცენტურაში მუშაობდნენ პროფესორები: ალექსანდრე მაჭავარიანი, გრიგოლ მუხაძე, ალექსანდრე ედიბერიძე; ასისტენტებად – ვარლამ ჭიჭინაძე; ორდინატორებად – მარიამ ბარათაშვილი, ალექსანდრე დიდებულიძე.
კათედრის გამგეები ქრონოლოგიურად იყვნენ:
1930-43 წლებში – პროფესორი ალექსანდრე ედიბერიძე;
1935-60 წლებში – პროფესორი აპოლონ ურუშაძე;
1960-71 წლებში – პროფესორი ანა მენაბდე;
1970-83 წლებში – პროფესორი თამარ ჩხატარაშვილი;
1983-93 წლებში – დოცენტი ქეთევან მანჯგალაძე;
1994-2009 წლებში – პროფესორი მანანა ივერიელი;
2009 წელს თერაპიული სტომატოლოგიის დეპარტამენტი დაიყო 2 დამოუკიდებელ დეპარტამენტად:
1. ოდონტოლოგიის დეპარტამენტი
2. პაროდონტისა და პირის ღრუს ლორწოვანის დაავადებათა დეპარტამენტი
1932-1933 წლებში თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო ინსტიტუტის სტომატოლოგიურმა ფაკულტეტმა გამოუშვა სტომატოლოგების პირველი კადრები, რომლებითაც დაკომპლექტდა რესპუბლიკის სტომატოლოგიური ქსელი. ზოგი მათგანი მომზადდა პედაგოგიური და სამეცნიერო მუშაობისათვის.
თბილისის სტომატოლოგიური ინსტიტუტის ქირურგიული სტომატოლოგიის კათედრას ხელმძღვანელობდა პროფესორი ა. ედიბერიძე. შემდეგში სტომატოლოგიური ინსტიტუტი შეუერთდა თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო ინსტიტუტს სტომატოლოგიური ფაკულტეტის სახით. ქირურგიული სტომატოლოგიის კათედრას ხელმძღვანელობდნენ: დოც. ა. ზუმბულიძე, პროფ. მ. გრიგალაშვილი, პროფ. ა. ბრეგაძე.
2006 წლიდან ქირურგიული სტომატოლოგიის კათედრას ეწოდა ქირურგიული სტომატოლოგიის და ყბა-სახის ქირურგიის დეპარტამენტი, რომელიც მოიცავს ორ მიმართულებას: 1) პირის ღრუს ქირურგია და 2) ყბა-სახის ქირურგია.
ქირურგიული სტომატოლოგიის და ყბა-სახის ქირურგიის დეპარტამენტის კლინიკურ ბაზებზე ტარდება პირის ღრუს და ყბა-სახის მიდამოს ყველა ქირურგიული დაავადების ოპერაციული მკურნალობა. მეხუთე კურსელი სტუდენტებისათვის დეპარტამენტში ტარდება იმპლანტოლოგიის კურსი.
ქართული სტომატოლოგიის ისტორიაში ერთ-ერთი მნიშვნელოვანი ეტაპი იყო 1928წ-ს პირველი უმაღლესი ოდონტოლოგიური ინსტიტუტის გახსნა, სწავლების ოთხწლიანი კურსით, რომელიც 1930წ. შეუერთდა სახელმწიფო სამედიცინო ინსტიტუტს ოდონტოლოგიის განყოფილების სახით. იმავე წელს, სხვა კათედრებთან ერთად, შეიქმნა საპროთეზო სტომატოლოგიის კათედრა და გამგედ დაინიშნა პროფესორი ოტო ჰაინე, ხოლო 1931 წლიდან – პროფესორი ისიდორე გაგუა, რომელიც კათედრას ხელმძღვანელობდა 1973 წლამდე. 1973წ-დან 1999წ-მდე კათედრას ხელმძღვანელობდა პროფესორი ავთანდილ საყვარელიძე.
ბავშვთა ასაკის სტომატოლოგიისა და სტომატოლოგიურ დაავადებათა პროფილაქტიკის კათედრა დაარსდა 1979 წელს კურსის სახით. 1991 წელს კურსი გადაკეთდა კათედრად. 1979 წლიდან 1992 წლამდე ჯერ კურსს, ხოლო შემდეგ კათედრას ხელმძღვანელობდა პროფესორი მარიამ გრიგალაშვილი. 1979-2006 წლებში კათედრა მოიცავდა სამ მიმართულებას: ბავშვთა ასაკის ქირურგიულ სტომატოლოგიას, ბავშვთა ასაკის თერაპიულ სტომატოლოგიას და ორთოდონტიას. 2006 წლიდან კათედრას ეწოდა ბავშვთა და მოზარდთა სტომატოლოგიისა და სტომატოლოგიურ დაავადებათა პროფილაქტიკის დეპარტამენტი, რომელიც აერთიანებდა ორ მიმართულებას: თერაპიულ სტომატოლოგიას და ქირურგიულ სტომატოლოგიას.
ორთოდონტიის დეპარტამენტი დაარსდა 2006 წელს. 1979 წლიდან ორთოდონტია, მიმართულების სახით, შედიოდა ბავშვთა ასაკის სტომატოლოგიის და სტომატოლოგიურ დაავადებათა პროფილაქტიკის კათედრაზე.
თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტის სტომატოლოგიური ფაკულტეტის პირის ღრუს, თავისა და კისრის ავთვისებიანი სიმსივნეების დეპარტამენტი შეიქმნა 2007 წელს. დეპარტამენტის შექმნის მიზანს წარმოადგენდა სტომატოლოგიის ფაკულტეტის სტუდენტებისთვის ყბა-სახის ავთვისებიანი სიმსივნეების დიაგნოსტიკისა და მკურნალობის საკითხების გაცნობა.
ამჟამად სტომატოლოგიის ფაკულტეტზე სასწავლო პროცესის წარმართვასა და სპეციალობის დაუფლებაში მონაწილეობას იღებს შემდეგი სასწავლო მიმართულებები და დეპარტამენტები:
1. ბავშვთა და მოზარდთა სტომატოლოგიისა და სტომატოლოგიურ დაავადებათა პროფილაქტიკის მიმართულება:
1.1 ბავშვთა და მოზარდთა თერაპიული სტომატოლოგიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი ნანა ყიფიანი
1.2 ბავშვთა და მოზარდთა ყბა-სახის ქირურგიისა და ქირურგიული სტომატოლოგიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი ზურაბ ვადაჭკორია
2. ოდონტოლოგიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი მარინა მამალაძე
3. პაროდონტოლოგიისა და ლორწოვანი გარსის დაავადებათა დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი მანანა ივერიელი
4. ორთოდონტიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი თინათინ მიქაძე
5. ორთოპედიული სტომატოლოგიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი სამსონ მღებრიშვილი
6. ქირურგიული სტომატოლოგიის მიმართულება:
6.1 პირის ღრუს ქირურგიისა და იმპლანტოლოგიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი ზურაბ ორჯონიკიძე
6.2 ყბა-სახის ქირურგიის დეპარტამენტი
ხელმძღვანელი პროფესორი ოთარ ბრეგაძე