2007 წელს აკადემიური საბჭოს გადაწყვეტილებით თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტში ახალი, მეხუთე ფაკულტეტი ჩამოყალიბდა, თავდაპირველად სამკურნალო ფიზიკური კულტურისა და რეაბილიტაციის ფაკულტეტის სახით, რომელსაც შემდგომში ფიზიკური მედიცინის და რეაბილიტაციის ფაკულტეტი ეწოდა (დეკანი დაარსების დღიდან 2014 წლამდე - პროფესორი კახაბერ ჭელიძე). მასზე სწავლა გააგრძელა ყოფილი სახელმწიფო ფიზიკური კულტურისა და სპორტის აკადემიის სამკურნალო ფიზიკური კულტურისა და რეაბილიტაციის ფაკულტეტის 500–ზე მეტმა სხვადასხვა სპეციალობის სტუდენტმა, მათ შორის 70–მდე უცხო ქვეყნის მოქალაქემ.
რეორგანიზაციის პირველსავე ეტაპზე, ადგილობრივ და საერთაშორისო პარტნიორებთან თანამშრომლობის შედეგად შეიქმნა ფიზიკური მედიცინის და რეაბილიტაციის თანამედროვე, ოთხწლიანი საბაკალავრო პროგრამა, რომელსაც საფუძვლად დაედო „ევროპის ფიზიკური და რეაბილიტაციური მედიცინის თეთრი წიგნი“, ხოლო შემდგომში განვითარდა ფიზიკური თერაპიის მსოფლიო კონფედერაციის ევროპის რეგიონის სახელმძღვანელო დოკუმენტის (2018) შესაბამისად. პროგრამის უზრუნველყოფას, გარდა ზოგადსაუნივერსიტეტო ბაზისური და კლინიკური დეპარტამენტებისა, ემსახურებიან ფაკულტეტში შემომავალი ფიზიკის, ბიოფიზიკის, ბიომექანიკისა და საინფორმაციო ტექნოლოგიების, ფიზიოლოგიის, ფიზიკური მედიცინის, სამედიცინო რეაბილიტაციისა და სპორტული მედიცინის, ტრავმატოლოგიისა და ორთოპედიის, სამედიცინო ბიოლოგიისა და პარაზიტოლოგიის, ზოგადი თერაპიისა და ლაბორატორიული საქმის დეპარტამენტები.
თეორიული მზადების გარდა ფაკულტეტის სტუდენტები კლინიკურ უნარ–ჩვევებს ეუფლებიან ფაკულტეტში ინტეგრირებულ სპორტული მედიცინისა და რეაბილიტაციის კლინიკურ ცენტრში (დირექტორი ვალერი ახალკაცი).
გარდა საბაკალავრო პროგრამებისა, ფაკულტეტზე მოქმედებს ოთხი სამაგისტრო პროგრამა.
2007 წლიდან ფაკულტეტზე ფუნქციობს საექთნო საქმის საგანამანთლებლო პროგრამები (კოორდინატორი მედეა ჯღარკავა). 2011 წლიდან ფაკულტეტზე ამოქმედდა საექთნო საქმის საბაკალავრო პროგრამები (ექთანი - ბაკალავრი და ბებიაქალი - ბაკალავრი), ხოლო 2015 წლიდან ხორციელდება საექთნო საქმის ქართულ-ავსტრიული საბაკალავრო პროგრამა.