თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტის მედიცინის ფაკულტეტი დასაბამს თბილისის ივანე ჯავახიშვილის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტის დაარსებიდან 1918 წლის 27 თებერვალიდან იღებს, როდესაც უნივერსიტეტის პროფესორთა საბჭომ დაადასტურა სამკურნალო ფაკულტეტის შექმნის აუცილებლობა. 1919 წლის 9 აპრილს უნივერსიტეტის საბჭოს გადაწყვეტილებით მანამდე ერთად არსებული საბუნებისმეტყველო-სამკურნალო და მათემატიკური ფაკულტეტები გაიყო და გახდა შესაძლებელი სამკურნალო ფაკულტეტის დამოუკიდებელ ერთეულად ჩამოყალიბება. 1930 წლის 10 ივნისს გაიხსნა საქართველოს სახელმწიფო სამედიცინო ინსტიტუტი, რომელმაც 1992 წლიდან მიიღო ავტონომიური უნივერსიტეტის სტატუსი და ჩამოყალიბდა თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტად. 1996 წელს სამკურნალო ფაკულტეტის ბაზაზე შეიქმნა უცხოენოვანი სექტორი, რომელიც შემდგომ ცალკე ფაკულტეტად გამოიყო.
2006 წლიდან თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტის სამკურნალო, პედიატრიული, ფსიქოთერაპიისა და ფსიქოსომატური მედიცინის და ინგლისურენოვანი სამკურნალო ფაკულტეტების ბაზაზე ჩამოყალიბდა მედიცინის ფაკულტეტი.